والجدير ذكره أن برنامج تأهيل المسكن للأسر الفقيرة هو أحد برامج المركز الرئيسية والذي يلعب دوراً في تمكين الأسر الفقيرة والفئات المهمشة. وقد بدأ أعماله مع بدايات تأسيس المركز سنة 1999 من خلال تبرعات أهل الخير في المدينة ولاحقاً من خلال منح من جهات خارجية. فمنذ تأسيسه أنهى البرنامج أكثر من 410 حالات في مدينة نابلس وقراها تم تمويلها من صندوق ملتقى الخير ومن خلال المشاريع الممولة من جهات دولية مثل مشروع رفيد، القنصلية البريطانية، وكالة التنمية الكندية CIDA، وصندوق أوبيك OFID.

وأشارت نهى دويكات الباحثة الاجتماعية في البرنامج إلى أن أعمال التأهيل لا تقتصر على الجانب الهندسي الفني في البيت وانما يتعدى ذلك ليطال دعم هذه الأسر وتمكينها اجتماعياً ونفسياً وتوفير الدعم النفسي اللازم لها لتعيش حياة أفضل.